氨基酸密码子表(21种氨基酸密码子表)

更新:2024-04-16 20:08:52  分享:wangsihai

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氨基酸密码子表及偏好性(2022-05-03)

密码子(codon)是指信使RNA(mRNA)分子中每相邻的三个核苷酸编成一组,在蛋白质合成时,代表某一种氨基酸的规律。

  信使RNA在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种类和排列次序。信使RNA分子中的四种核苷酸(ATCG)的序列能决定蛋白质分子中的20种氨基酸的序列。而在信使RNA分子上的三个碱基能决定一个氨基酸。

  起始密码子(iniation codon):指定蛋白质合成起始位点的密码子。最常见的起始密码子是甲硫氨酸或缬氨酸密码。

一、不同生物的密码子使用偏好不同

  三联密码子一共有4×4×4=64个,而构成生物的氨基酸仅有20个(外加1个终止密码子)。这意味着,有许多密码子,编码着同一个氨基酸。比如说,UUA、UUG、CUU、CUC、CUA和CUG均编码亮氨酸。这种现象,称为密码子的简并性。

  但这是否意味着,生物可以随便更换密码子、反正只要编码同一个氨基酸就好呢?

  并不是!

  不同生物使用各种密码子的频率,是不同的。同样是编码亮氨酸,在酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中,使用UUU、UUA和UUG的几率是最高的,每1000个密码子中,这三个密码子就会出现大于26次。而在人类(Homo sapiens)中,使用UUA编码亮氨酸的概率是比较低的,每1000个密码子中只会出现不到8次。这种现象,称为密码子使用偏好性(codon usage bias)。

  如果随意更换同义的密码子,会产生各种问题。比如说,同样都是编码亮氨酸,假如将UUA换成CUG,就会显著改变GC比。这不光会影响基因组的稳定性,还会导致转录出来的mRNA的二级结构发生变化。同时,由于密码子偏好与tRNA池是共进化的,因此,更换了同义的密码子,而tRNA基因或者丰度却没有随着发生变化的话,就会影响蛋白质的翻译速度。再有,由于蛋白质是可以边翻译边折叠的。因此,翻译速度的变化,也会影响蛋白质的折叠。

  目前,有一些人类疾病,被认为与DNA的同义突变(synonymous mutations)具有相关性。

  这同时也告诉我们,在实验中,如果想在A生物中表达B生物的蛋白,往往需要考虑密码子的优化,将B生物的基因DNA序列,改成适合A生物的密码子使用偏好,否则表达效率会降低,甚至表达不出来。

二、核基因组与线粒体、叶绿体基因组使用的密码子表不同

  是的,你没看错,线粒体和核基因组所使用的密码子表,是存在差异的。原因就是在标准的密码子表中,AGA和AGG编码精氨酸,但在脊椎动物的线粒体中,这两个密码子却是终止密码子。而标准密码子表中的终止密码子UGA,在脊椎动物的线粒体中,却是编码色氨酸。

  所以,我们去ncbi做orf的时候,必须要根据基因的类别选择密码子

  最常用就是通用的,比如选择1.

但是如果是做线粒体,那就要选择5.无脊椎线粒体密码子编码

氨基酸种类有几种,密码子的呢??

答案d

根据课本表4-120种氨基酸的密码子表,可以看出决定氨基酸的密码子一共有61种,但是由于密码子是位于mrna上的,而mrna上只有4种碱基,因此,组成密码子的碱基种类有4种。

氨基酸密码子表,DNA,RNA

密码子表一般都是用RNA写。当然用DNA写也可以但是用的时候模板链、信息链还要折腾一番不方便。N指的是任意碱基,无论用DNA写还是用RNA写都可以这样简写。设计引物序列肯定是写一对DNA序列(它俩不能有太多互补),RNA稳定性不好,不适合做引物

氨基酸密码子表怎么看?

密码子表就是碱基顺序,三个碱基顺序对应一个氨基酸。密码子序列存在于DNA编码链上。

遗传密码的密码子表

此表列出了64种密码子以及氨基酸的标准配对 。

1994年版曾邦哲著《结构论》中对密码子和氨基酸的组合数学计算公式 为:C1/4+2C2/4+C3/4=20氨基酸,C1/4+6(C2/4+C3/4)=64密码子。  第

基 第 二 位 碱 基 第

基 - U C A G -U UUU (Phe/F)苯丙氨酸

UUC (Phe/F)苯丙氨酸

UUA (Leu/L)亮氨酸

UUG (Leu/L)亮氨酸 UCU (Ser/S)丝氨酸

UCC (Ser/S)丝氨酸

UCA (Ser/S)丝氨酸

UCG (Ser/S)丝氨酸 UAU (Tyr/Y)酪氨酸

UAC (Tyr/Y)酪氨酸

UAA (终止)

UAG (终止) UGU (Cys/C)半胱氨酸

UGC (Cys/C)半胱氨酸

UGA (终止)

UGG (Trp/W)色氨酸 U

C

A

G C CUU (Leu/L)亮氨酸

CUC (Leu/L)亮氨酸

CUA (Leu/L)亮氨酸

CUG (Leu/L)亮氨酸 CCU (Pro/P)脯氨酸

CCC (Pro/P)脯氨酸

CCA (Pro/P)脯氨酸

CCG (Pro/P)脯氨酸 CAU (His/H)组氨酸

CAC (His/H)组氨酸

CAA (Gln/Q)谷氨酰胺

CAG (Gln/Q)谷氨酰胺 CGU (Arg/R)精氨酸

CGC (Arg/R)精氨酸

CGA (Arg/R)精氨酸

CGG (Arg/R)精氨酸 U

C

A

G A AUU (Ile/I)异亮氨酸

AUC (Ile/I)异亮氨酸

AUA (Ile/I)异亮氨酸

AUG (Met/M)甲硫氨酸(起始) ACU (Thr/T)苏氨酸

ACC (Thr/T)苏氨酸

ACA (Thr/T)苏氨酸

ACG (Thr/T)苏氨酸 AAU (Asn/N)天冬酰胺

AAC (Asn/N)天冬酰胺

AAA (Lys/K)赖氨酸

AAG (Lys/K)赖氨酸 AGU (Ser/S)丝氨酸

AGC (Ser/S)丝氨酸

AGA (Arg/R)精氨酸

AGG (Arg/R)精氨酸 U

C

A

G G GUU (Val/V)缬氨酸

GUC (Val/V)缬氨酸

GUA (Val/V)缬氨酸

GUG (Val/V)缬氨酸 GCU (Ala/A)丙氨酸

GCC (Ala/A)丙氨酸

GCA (Ala/A)丙氨酸

GCG (Ala/A)丙氨酸 GAU (Asp/D)天冬氨酸

GAC (Asp/D)天冬氨酸

GAA (Glu/E)谷氨酸

GAG (Glu/E)谷氨酸 GGU (Gly/G)甘氨酸

GGC (Gly/G)甘氨酸

GGA (Gly/G)甘氨酸

GGG (Gly/G)甘氨酸 U

C

A

G 注:(起始)标准起始编码,同时为甲硫氨酸编码。mRNA中第一个AUG就是蛋白质翻译的起始部位。

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